As manifestações clínicas são variáveis, sendo a mais frequente aquela associada à Estomatite Protética, com formação de área atrófica e eritematosa que sugere a nomenclatura da lesão.

Os usuários acometidos são na maioria assintomáticos, mas eventualmente podem se queixar de dor, ardência ou, mais raramente, prurido.

Algumas lesões associadas à cândida podem manifestar-se de maneira aguda, com formação de pseudomembrana esbranquiçada, a qual pode ser coletada por esfregaço e encaminhada para exame citológico. Pacientes com suspeita de candidíase pseudomembranosa devem ser sempre investigados cuidadosamente com relação à presença de doenças ou outros fatores que levem à imunossupressão, tais como o uso de corticoides tópicos ou infecção por HIV.

O diagnóstico de candidíase é eminentemente clínico; contudo, como o tratamento das formas crônicas exige protocolos longos e de difícil adesão pelo paciente, reforça-se a necessidade de referenciar tais casos para o Centro de Especialidades Odontológicas para atenção profissional do estomatologista.

A terapia medicamentosa mais comum é realizada com Nistatina em suspensão oral, com bochechos realizados de quatro a cinco vezes ao dia, durante duas semanas. As manobras de higiene favorecem o tratamento e indica-se, para os usuários portadores de próteses removíveis, a interrupção do seu uso e a aplicação da medicação antifúngica na superfície interna delas.