Por ter sido um dos últimos locais na região onde a mata se mantinha intacta até o início do século XX, foi escolhida como refúgio pelos poucos índios botocudos, que conseguiam sobreviver à ocupação branca que se alastrava na região de São Mateus, Nova Venécia, Colatina, por conta da construção das estradas de ferro Vitória a Minas e Bahia a Minas e da ponte Florentino Avidos, em Colatina.

De 1975 a 1980, o Censo Agropecuário do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) demonstra que a produção de café no município diminuiu mais de 400%. Boa Esperança passou por más mudanças nesse período.

Até o final do século XIX, Boa Esperança fazia parte do complexo Serra dos Aimorés, que compreendia ao Norte do Espírito Santo, Nordeste de Minas Gerais e Sul da Bahia, pertencente a São Mateus.

Boa Esperança foi um município emancipado em um momento político bastante conturbado, dois meses depois do golpe militar que culminou na ditadura no Brasil e um momento econômico ruim do Estado, com a erradicação do café devido ao grande estoque excedente no comércio mundial.

Seu passado colonial está ligado diretamente a São Mateus e a Nova Venécia. Essa ligação, dada principalmente pela proximidade das três cidades, fez com que vários acontecimentos se entrelaçassem no decorrer dos tempos entre estes municípios.