Para o refluxo fisiológico, o tratamento baseia-se em mudanças comportamentais e orientações aos pais. Em alguns casos, a substituição do leite de vaca por fórmulas hipoalergênicas pode ser útil.

Crianças e adolescentes com pirose e dor retroesternal podem se beneficiar da terapêutica de prova com inibidores de secreção ácida por duas a quatro semanas. Se os sintomas persistirem ou recorrerem, o paciente deve ser encaminhado para endoscopia digestiva alta e biópsia.

Em crianças com apnéia ou outras manifestações respiratórias, a pHmetria é de utilidade para determinação da presença de RGE. Nesses casos, se a pHmetria comprovar RGE, recomenda-se o uso de procinéticos e/ou inibidores da secreção ácida.

A endoscopia digestiva alta é procedimento invasivo, comumente realizado sob anestesia geral nos menores de 2 anos. Ela diagnostica o RGE e a esofagite a ele associada.