O conflito foi uma decorrência do Tratado de Santo Ildefonso, entre portugueses e espanhóis, que previa a troca dos Sete Povos pela Colônia de Sacramento.

O tratado nunca chegou a ser efetivado, porém, após a guerra, os Sete Povos ficaram totalmente desabitados, dando início à decadência das reduções.

Apesar de serem inimigos dos Guaranis, os Charruas e os Minuanos os auxiliaram na guerra, atuando como espiões e vigias, passando informações sobre os missioneiros.

Sepé Tiaraju, uma das principais lideranças indígenas, havia negociado um acordo de paz com o comandante militar de Rio Pardo com o objetivo de se revoltarem e se tornarem vassalos portugueses.

A região missioneira dos Sete Povos foi incorporada definitivamente ao território português somente em 1808 com a vinda da família real para o Brasil.