A organização de uma empresa por processos pode ter a 'aparência de uma estrutura funcional, com áreas funcionais bem definidas, mas com processos operando efetivamente de forma ortogonal (na horizontal).

Na prática, as áreas funcionais e suas chefias não desaparecem quando a organização se estrutura por processos. À medida que os process owners (donos do processo) vão assumindo responsabilidade cada vez maior pelo projeto, pela estruturação e pelo funcionamento dos processos essenciais das empresas, os chefes das áreas funcionais se focam cada vez mais no treinamento e na capacitação do seu pessoal.

As estruturas organizacionais convencionais não priorizam as funções (áreas verticais) em detrimento dos processos essenciais e exageram na divisão de tarefas, pois não adotam o critério da otimização do funcionamento das áreas funcionais, o que leva à generalização.

Essas empresas têm muitos níveis hierárquicos, o que introduz impedâncias e perdas de carga e usam mais recursos que o indispensável.