O GIST localizado é tratado com ressecção completa, incluindo a linfadenectomia regional. A laparoscopia é o método mais indicado, por diminuir o risco de ruptura tumoral em massas volumosas.

A terapia neoadjuvante com imatinibe está indicada para tumores que não podem ser ressecados completamente na apresentação e deve ter duração de três anos.

Caso a análise molecular do tumor não esteja disponível, a avaliação de resposta ao tratamento neoadjuvante pode ser feita através de exames de imagem, onde a redução do volume tumoral é o primeiro sinal de sucesso terapêutico.

A decisão sobre a terapia adjuvante depende de fatores prognósticos como a margem de ressecção e ruptura tumoral, além de parâmetros como índice mitótico, tamanho e topografia.