Robert Hooke, por volta de 1665, foi capaz de fabricar dezenas de microscópios dotados de uma só lente, pequena e quase esférica. É considerado o descobridor dos micróbios.

Na década de 1930, foi inventado o primeiro microscópio eletrônico, que possibilitou maior precisão nas análises laboratoriais, destacando-se pelo fato de a formação da imagem ser uma resultante da interação de elétrons com o material analisado.

Zacharias Janssen observou ao microscópio, por volta de 1674, pedaços de cortiça. Nessa observação, notou estruturas que delimitavam pequenos compartimentos, como pequenas celas, e os chamou de células.

A microscopia de luz se constitui em uma técnica indispensável para a rotina laboratorial, pois permite o estudo de estruturas e de processos biológicos apenas em células vivas. Os microscópios são instrumentos capazes de aumentar significativamente a imagem de uma pequena estrutura viva, mas a natureza da imagem produzida depende do tipo de microscópio utilizado e não do modo como o material foi preparado.

A propriedade mais relevante de um microscópio não é o aumento, mas sim seu poder de resolução. O poder de resolução de um microscópio é o que define a sua utilização, no sentido de que cada microscópio é indicado para a observação de diferentes estruturas. O microscópio ótico, o tipo mais simples e mais utilizado na rotina laboratorial, possui o poder de individualizar dois pontos que se encontrem a menos de 2 nm de distância.