Os principais desafios ambientais de São Paulo, como a poluição hídrica e a perda de biodiversidade, não possuem relação com o modelo de desenvolvimento econômico e industrial do Estado, sendo tratados de forma isolada pela SEMIL.

O Instituto de Pesquisas Ambientais, (IPA), foi criado em 2023, juntamente com a SEMIL, para centralizarem todas as pesquisas sobre recursos hídricos e saneamento básico no Estado.

A Secretaria de Meio Ambiente, Infraestrutura e Logística, (SEMIL), foi criada a partir da fusão da Secretaria de Infraestrutura e Meio Ambiente com a Secretaria de Logística e Transportes, possui entre suas entidades vinculadas a SABESP e a CETESB.

A SEMIL é dividida em cinco subsecretarias, sendo uma delas a Subsecretaria de Biodiversidade e Florestas, responsável pela gestão da Fundação Florestal.

O Relatório de Qualidade Ambiental, (RQA), é de responsabilidade da Secretaria de Segurança Pública e tem como principal finalidade subsidiar operações do Comando de Policiamento Ambiental.