A elaboração da PPI deve se dar num processo ascendente, de base estadual, configurando, também, as responsabilidades do estado na busca crescente da equidade, da qualidade da atenção e na conformação da rede regionalizada e hierarquizada de serviços.

As ações de auditoria analítica e operacional constituem responsabilidades das três esferas gestoras do SUS, o que exige a estruturação do respectivo órgão de controle, avaliação e auditoria, incluindo a definição dos recursos e da metodologia adequada de trabalho. É função do CNS definir instrumentos para a realização das atividades, consolidar as informações necessárias, analisar os resultados obtidos em decorrência de suas ações, propor medidas corretivas e interagir com outras áreas da administração, visando o pleno exercício, pelo gestor, de suas atribuições, de acordo com a legislação que regulamenta o Sistema Nacional de Autarquia no âmbito do SUS.

A União define normas, critérios, instrumentos e prazos, aprova a programação de ações sob seu controle, inscritas na programação pelo estado e seus municípios, incorpora as ações sob sua responsabilidade direta e aloca os recursos disponíveis, segundo os valores apurados na programação e negociados na CNS, cujo resultado é deliberado pelo Ministério da Saúde.

A Programação Pactuada e Integrada (PPI) envolve as atividades de assistência ambulatorial e hospitalar, de vigilância sanitária e de epidemiologia e controle de doenças, constituindo um instrumento essencial de reorganização do modelo de atenção e da gestão do SUS, de alocação dos recursos e de explicitação do pacto estabelecido entre as três esferas de governo.

O exercício da premissa garantidora da União para a captação de recursos, em todos os níveis de governo, exige a articulação permanente das ações de programação, controle, avaliação e auditoria; a integração operacional das unidades organizacionais, que desempenham estas atividades, no âmbito de cada órgão gestor do sistema; e a apropriação dos seus resultados e a identificação de prioridades, no processo de decisão política da alocação dos recursos.