O processo de segregação representa o descarte do resíduo no momento de sua geração e implica o acondicionamento de materiais diversos em recipientes únicos para serem posteriormente divididos de acordo com suas características.

A identificação dos resíduos contidos em recipientes é obrigatória nos sacos de acondicionamento e recipientes de coleta externa, ou nos recipientes de transporte, sendo opcional a identificação com símbolos nos locais de armazenamento.

O transporte interno de resíduos pode ser feito separadamente, mas, com a finalidade de agilizar a coleta dentro do estabelecimento e otimizar o traslado, podem-se transportar grupos diferentes de resíduos no mesmo recipiente.

Resíduos com substâncias químicas que apresentam risco à saúde pública ou ao meio ambiente, a exemplo de medicamentos ou insumos farmacêuticos, são classificados no grupo A de elementos potencialmente infectantes.

Os usuários domiciliares geradores de resíduos líquidos de antibacterianos e hormônios para uso tópico poderão descartá-los em esgoto sanitário com sistema de tratamento, e as embalagens desses produtos deverão ser acondicionadas como resíduo sólido urbano.