O alelo HLA-DR está implicado na predisposição à positividade do fator reumatoide, tendo pouco papel na apresentação de antígenos e ativação de linfócitos T.

As enzimas do tipo PAD4 são responsáveis pela citrulinização de proteínas pela transformação de resíduos de arginina em citrulina, e esse processo está relacionado ao surgimento dos anticorpos ACPA.

Modificações epigenéticas como a metilação do DNA, embora presentes na AR, não contribuem para a fisiopatologia da doença, uma vez que ainda não se sabe o papel que essas modificações têm sobre as células sinoviais.

Na AR, a ativação de linfócitos T é fundamental para o surgimento da doença, entretanto a ativação de linfócitos B é secundária e de pouca importância. Isso explica a baixa positividade dos autoanticorpos fator reumatoide e anti-CCP nos indivíduos acometidos pela AR.