O Subsistema de Atenção à Saúde Indígena funciona independentemente do Sistema Único de Saúde − SUS, com regras próprias de vigilância e assistência que não se submetem aos princípios da universalidade e equidade da Lei 8.080/90.

As populações indígenas devem custear seus próprios serviços de saúde através da venda de artesanato e produtos agrícolas, sendo o Sistema Único de Saúde − SUS responsável apenas pela fiscalização sanitária das aldeias.

Compete à União financiar o Subsistema de Atenção à Saúde Indígena, com participação complementar de Estados, Municípios e outras instituições na execução das ações.

O financiamento da saúde indígena é de responsabilidade exclusiva dos Municípios onde as aldeias estão localizadas, sendo vedado o repasse de verbas federais para evitar a perda da autonomia local.