é baseado na modificação química do DNA utilizando piperidina e foi inicialmente desenvolvido por Alan Maxam e Walter Gilbert e mais tarde modificado por Sanger.

é baseado na incorporação de didesoxinucleotídeos que, ao serem incorporados, impedem a adição de nucleotídeos adicionais.

requer todas as enzimas necessárias para a replicação de DNA como Helicases, Polimerases, porém, não necessita da Primase pois são adicionados iniciadores artificiais com os nucleotídeos e didesoxinucleotídeos.

depende do preparo de géis de acrilamida para separar os diferentes fragmentos de DNA que serão analisados.

é limitada pela necessidade do uso de isótopos radioativos para a marcação dos fragmentos de DNA que serão seqüenciados.