Os agentes biológicos podem ser classificados em classe de risco 1, classe de risco 2, classe de risco 3 e classe de risco especial.

Na classe de risco 1 incluímos os agentes biológicos que não causam doença em pessoas ou animais adultos saudáveis, como, por exemplo, os Lactobacillus sp.

Na classe de risco 2 incluímos os agentes biológicos que causam infecções no homem ou em animais, mas que possuem capacidade limitada de propagação na comunidade e de disseminação no meio ambiente. Um exemplo desta classe é o Schistosoma mansoni.

Na classe de risco 3 incluímos agentes biológicos com capacidade de transmissão por via respiratória e que causam patologias humanas ou animais potencialmente letais. Um exemplo desta classe é o Bacillus anthracis.

Na classe de risco especial incluímos agentes biológicos de doença animal não existentes no país e que podem gerar perdas econômicas substanciais e danos graves na produção de alimentos.