Se a amostra contiver analitos sensíveis ao calor e à luz, o protocolo de amostragem deverá especificar se as amostras devem ser guardadas em geladeira, freezer ou frascos escuros.

Na análise da água de rios, condições como luz, calor e contato com o leito influenciam na concentração de alguns compostos, por isso o protocolo deve estabelecer uma profundidade única padrão, em que todas as coletas das amostras devem ser feitas.

A composição de um sólido pode não ser homogênea, nesse caso, o protocolo de amostragem deve estabelecer quantidades, posições e profundidades das amostras, de modo a assegurar a representatividade do material analisado.

O material dos frascos utilizados para coletar e guardar as amostras deve ser definido no protocolo, uma vez que pode influenciar no resultado da análise por meio de contaminação ou reações com o analito.

A sensibilidade do método analítico e o intervalo de concentração esperado para o composto na matriz influenciam na escolha da quantidade de amostra a ser coletada.