Aumento da permeabilidade intestinal, o que determina o uso de fórmulas parcial ou extensamente hidrolisadas na terapia nutricional dessas crianças, de acordo com os principais guidelines.

Aumento na concentração de sais biliares, com diminuição da desconjugação dos ácidos biliares primários, mas mantendo-os em níveis satisfatórios quanto à concentração micelar crítica.

Diminuição dos grânulos de zimogênio no pâncreas, com queda na síntese de lipase, o que justifica a recomendação de baixa oferta lipídica na dieta de recuperação nutricional.

Hipocloridria ou acloridria gástrica, o que compromete o processo digestivo de proteínas e a menor absorção de seus produtos de hidrólise, principalmente dipeptídeos e tripeptídeos.

A intensa colonização bacteriana no intestino delgado, principalmente pelos componentes da microbiota colônica, o que pode trazer alterações na investigação laboratorial pela D-xilosemia.