os microorganismos presentes no efluente interagem com as sustâncias orgânicas, transformando-as em produtos finais estáveis, com liberação de energia, sendo este processo de transformação química do material orgânico denominado catabolismo.

o anabolismo ocorre na presença de microorganismos que sintetizam nova massa celular, sendo um processo independente do processo catabólico oxidativo.

o lodo inorgânico é gerado através da floculação de partículas inorgânicas no efluente, como exemplo argila e silte.

se o oxigênio não está disponível na água, os microorganismos podem usar o nitrato ou sulfato como agentes oxidantes do material orgânico, produzindo nitrogênio molecular e sulfeto, em um processo denominado respiração anaeróbia.