O juiz federal da justiça militar tem competência para, em decisão monocrática, manter ou relaxar prisão em flagrante e decretar, revogar ou restabelecer prisão preventiva de acusado.

Compete ao juiz federal da justiça militar conceder a suspensão condicional da pena, nos termos da lei.

Os conselhos de justiça são competentes para julgar habeas corpus, habeas data e mandados de segurança contra ato de autoridade militar praticado em razão da ocorrência de crime militar.

O Conselho Superior de Justiça Militar é órgão de segunda instância e compõe-se de três oficiais-generais, de carreira ou da reserva convocados, e de um juiz federal da justiça militar, todos nomeados pelo presidente da República.

Em caso de motivo relevante de ordem pública ou por interesse da justiça, prescindindo-se da manifestação do Superior Tribunal Militar, os Conselhos Especial e Permanente poderão funcionar fora da sede das auditorias.