Nas preparações fixadas, as etapas de preparo do esfregaço e fixação antecedem à coloração das células microbianas.

Nas preparações microscópicas a fresco, a visualização microscópica dos micro-organismos é difícil, dado o reduzido tamanho das células e o índice de refração, que é próximo ao da água, tornando-os praticamente incolores quando suspensos em meio aquoso.

Sem o uso de corantes, a visualização de detalhes da morfologia celular seria grandemente prejudicada, uma vez que estes aumentam o contraste das células em relação ao meio em que se encontram.

As preparações microscópicas fixadas são úteis para observar atividades celulares como motilidade e fissão binária, graças ao uso de técnicas de coloração diferencial de flagelo e parede celular.

Corantes básicos são ideais para corar bactérias porque os ácidos nucleicos e alguns componentes da parede celular apresentam carga líquida negativa e atraem cromóforos catiônicos.