A patogênese da tuberculose consiste na fagocitose dos BAAR que alcançam os alvéolos pelos macrófagos. Os bacilos prejudicam a maturação dos fagossomos, multiplicam-se, lisam os macrófagos e espalham-se para os linfonodos regionais, a partir dos quais pode ocorrer a disseminação por todo o corpo. Esses estágios iniciais de infecção costumam ser assintomáticos e induzem à imunidade celular e humoral.