A avaliação da carga viral por RT-PCR quantitativo é um dos exames de maior importância para avaliar a indicação das imunizações e das profilaxias para infecções oportunistas.

A carga viral deve ser o foco principal do monitoramento laboratorial nas PVHIV em uso de terapia antirretroviral, o que possibilita a detecção precoce de falha virológica.

Nos casos estáveis, em TARV, com carga viral indetectável e contagem de LT-CD4+ acima de 350 céls/mm3, a realização do exame de LT-CD4+ não traz benefício ao monitoramento clínicolaboratorial.

As flutuações laboratoriais e fisiológicas de LT-CD4+ não têm relevância clínica e podem inclusive levar a erros de conduta, como a troca precoce de esquemas de TARV ou a manutenção de esquemas em falha virológica.

A avaliação laboratorial de condições associadas deve ser realizada, como, por exemplo, doenças sexualmente transmissíveis, tuberculose ativa, risco cardiovascular e rastreamento de neoplasias (em especial o câncer de colo de útero em mulheres cis e homens trans).