Os gestores estaduais e municipais possuem flexibilidade na definição de parâmetros e prioridades que irão orientar a programação, ressalvados os parâmetros pactuados nacional e estadualmente.

A programação é realizada prioritariamente, por áreas de atuação a partir das ações básicas de saúde para compor o rol de ações de maior complexidade.

O processo de programação deve contribuir para a garantia de acesso aos serviços de saúde, subsidiando o processo regulatório da assistência.

A programação é realizada, tendo como referência os blocos de financiamento a partir das ações de média e alta complexidade.

A programação deve ser realizada a cada gestão, revisada periodicamente e sempre que necessário, em decorrência de alterações de fluxo no atendimento ao usuário; de oferta de serviços; na tabela de procedimentos; e no teto financeiro, dentre outras.