A autonomia administrativa se caracteriza pela exigência de que seus dirigentes sejam funcionários de carreira, concursados e com a garantia de só poderem ser afastados de suas funções motivadamente em sentença judicial transitada em julgado por atos de improbidade administrativa;

Sua competência para expedir normas subordina-se aos preceitos legais e regulamentares que regem a outorga, prestação e fruição dos serviços e deve ser exercido nos limites impostos pela Constituição e pelas leis e regulamentos, em perfeita consonância com a legislação stricto sensu que rege a matéria;

A autonomia financeira permite a realização de compras sem licitação e em relação às atividades-meio não é possível o controle dos gastos pelo Tribunal de Contas da União;

No exercício das funções regulatória e de fiscalização devem atuar em consonância com os interesses conjunturais do Poder Executivo e as determinações do Ministério ao qual se vincula.