Esse princípio define que o sistema de saúde se organize tendo uma única direção, com um único gestor em cada esfera de governo. No âmbito nacional, o gestor do SUS é o Ministro da Saúde; no estadual, o Secretário Federal de Saúde; no Distrito Federal/DF, o Secretário de Saúde do DF; e, no município, o Secretário Municipal de Saúde. Cada gestor, em cada esfera de governo, tem atribuições comuns e competências específicas.

O município tem papel de destaque, pois é lá onde as pessoas moram e onde as coisas acontecem. Em um primeiro momento, a descentralização resultou na responsabilização dos municípios pela organização da oferta de todas as ações e serviços de saúde.

Com o passar do tempo, após experiências de implantação, percebeu-se que nem todo município, dadas suas características sociais, demográficas e geográficas, comportariam assumir a oferta de todas as ações de saúde, e que há situações que devem ser tratadas no nível estadual ou nacional, como é o caso da política de transplantes.

Com o fim de atender às necessárias redefinições de papéis e atribuições das três esferas de gestão (municípios, Estados e União) resultantes da implementação do SUS, houve um processo evolutivo de adaptação a esses novos papéis, traduzidos nas Normas Operacionais de Assistência à Saúde (NOAS 01/01 e NOAS 01/02). Mais recentemente as referidas Normas formam substituídas por uma nova lógica de pactuação onde cada esfera tem seu papel a ser desempenhado, definido no chamado “Pacto pela Saúde”.