A infecção primária por HSV-1 dificilmente ocorre antes dos 6 meses de idade, sendo de início abrupto, com febre alta (39° ou mais), afetando tanto a mucosa móvel quanto a aderida e a gengiva, com lesões de aspecto de erosivo.

A mononucleose, causada pela exposição ao vírus Epstein-Barr, pode causar lesões intraorais, como faringite, tonsilite, petéquias no palato e gengivite ulcerativa necrosante aguda.

As lesões orais da doença das mãos-pés e boca se assemelham às da herpangina; no entanto, quase sempre são menos numerosas e ficam restritas à parte posterior da boca.

A infecção por citomegalovírus é comum em pacientes imunossuprimidos e o diagnóstico pode ser feito por meio de uma combinação de biópsias em úlceras crônicas que não respondem a tratamento convencional.