A técnica de multiplex foi desenvolvida com a finalidade de, com um único teste, altamente específico, promover a diferenciação entre duas espécies ou entre dois gêneros simultaneamente.

A técnica de multiplex envolve a amplificação simultânea de mais de uma sequência-alvo por reação, pela mistura de vários pares de primers, não sendo, porém, útil para análise de amostras que contenham parasitas cuja distinção morfológica é difícil ou que se apresentem em número muito baixo.

Na nested-PCR, dois pares de primers amplificam uma região conhecida do genoma de um organismo qualquer. O primeiro par de primers amplifica determinada região com número conhecido de pares de bases. O segundo par nested primers se liga à região dentro do primeiro produto, produzindo um segundo produto de PCR que será menor do que o primeiro. Dessa maneira, se o primeiro locus a ser amplificado não for a sequência esperada, a probabilidade de o segundo par de primers funcionar é muito baixa.

A PCR quantitativa permite uma análise quantitativa adicionando-se um corante não fluorescente à reação. Com isso, conforme a reação progride, a amplificação produz quantidades crescentes de DNA de dupla fita, que se liga ao corante, resultando em intensidade de coloração.

O resultado da PCR quantitativa, quando colocado em um gráfico, é interpretado pelo aumento da intensidade de coloração do corante (ex. Giemsa ou orceína acética) em relação ao número de ciclos, podendo mostrar um panorama completo da PCR, inclusive a quantidade inicial do DNA-alvo.