O processo de fixação tem como finalidades: evitar a digestão dos tecidos por enzimas existentes nas próprias células (autólise) ou por ação de microrganismos; enrijecer os fragmentos de tecidos; preservar, em grande parte, a estrutura e a composição molecular dos tecidos.

Para se obter secções delgadas na microtomia, os fragmentos de tecidos devem, após a fixação, ser infiltrados com substâncias que lhes proporcionem uma consistência rígida. As substâncias mais utilizadas para esse fim são a parafina e algumas resinas, habitualmente utilizadas para microscopia de luz e para microscopia de luz e eletrônica, respectivamente.

Para o procedimento de inclusão ou embebição em parafina, inicialmente é feita a desidratação, com a passagem dos fragmentos por diversos banhos de soluções de concentrações crescentes de etanol, e o clareamento ou diafanização, com os fragmentos embebidos em solventes orgânicos, como xilol. Em seguida, os fragmentos são imersos em parafina derretida em temperatura de 65°C a 70°C.

Enquanto na microscopia de luz as amostras teciduais, para serem estudadas, devem ser coradas para se tornarem evidentes, na microscopia eletrônica, a imagem resultante é em preto e branco, sendo as áreas escuras de uma micrografia eletrônica denominadas de elétron-densas, e as áreas claras, de elétron-lucentes ou elétron-transparentes.

Muitos corantes histológicos se comportam como substâncias de caráter ácido ou básico. Os componentes dos tecidos que se coram com corantes básicos são chamados de basófilos, e os que têm grande afinidade com corantes ácidos, de acidófilos.