O financiamento da AF é formado por partições denominadas Componentes, que contemplam a descentralização da responsabilidade em relação ao financiamento e a aquisição de medicamentos e insumos: componente básico, componente estratégico e componente especializado.

A aquisição de medicamentos e insumos no âmbito da Atenção Básica em Saúde e daqueles relacionados a agravos e programas de saúde específicos, com financiamento tripartite, é realizada por meio de repasse de recursos financeiros às secretarias municipais e/ou estaduais de saúde ou por aquisição centralizada pelo Ministério da Saúde.

O Componente Estratégico da Assistência Farmacêutica (CESAF) destina-se à garantia do acesso equitativo a medicamentos e insumos, para prevenção, diagnóstico, tratamento e controle de doenças e agravos de perfil endêmico, com importância epidemiológica, impacto socioeconômico ou que acometem populações vulneráveis. Esses medicamentos e insumos são financiados e adquiridos pelos estados e pelo Distrito Federal e distribuídos aos municípios.

O Componente Especializado da Assistência Farmacêutica (CEAF) visa à garantia da integralidade do tratamento medicamentoso por meio do uso de Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas (PCDT) recorrendo às diferentes linhas de cuidado. O componente especializado relaciona-se diretamente com o componente básico, visto que o tratamento de muitas doenças contempladas no CEAF deve ser iniciado na atenção básica.

O CEAF subdivide-se em três grupos com responsabilidades diferenciadas pelo financiamento e aquisição. O grupo 1 é constituído por medicamentos que representam elevado impacto financeiro para o Componente, cujo financiamento é de responsabilidade exclusiva da União e, em alguns casos, a aquisição pode ser feita pelos estados por transferência de recursos Fundo a Fundo.