É colonizado com muitas e diferentes bactérias, fungos e parasitas. A maioria desses organismos é anaeróbia, como Peptostreptococcus, Porphyromonas e Prevotella.

As bactérias mais comuns incluem Bifidobacterium, Eubacterium, Bacteroides, Enterococcus e membros da família Enterobacteriaceae.

Agentes comuns de gastroenterites (p. ex., Salmonella e Campylobacter spp.) podem estar presentes em pequenas quantidades como residentes assintomáticos; no entanto, sua detecção no laboratório clínico geralmente indica doença.

As bactérias raramente causam doença do intestino grosso, sendo a maioria das infecções causadas por Candida spp. e vírus, como herpes simples e citomegalovírus.