Entre os numerosos métodos que podem ser empregados para estimar a biomassa fitoplanctônica ativa, pode-se citar a estimativa em espectrofotômetro ou fluorímetro da concentração de clorofila extraída por solventes orgânicos. Esse método é considerado mais preciso, especialmente se os valores são acrescidos das leituras de absorção pelos feopigmentos.