Uma lesão granulomatosa envolvendo apenas as porções anteriores da laringe (especialmente a epiglote) tem maior probabilidade de estar relacionada à histoplasmose do que à tuberculose.

Os granulomas observados na histoplasmose e na blastomicose, localizados no pulmão e nos linfonodos regionais, são bastante distintos daqueles observados na tuberculose primária.

Em pacientes com Síndrome da Imunodeficiência Adquirida, a infecção por Mycobacterium avium geralmente não revela granulomas, mas, sim, histiócitos espumosos contendo micobactérias.

A infecção pulmonar por citomegalovírus em pacientes imunossuprimidos pode apresentar células muito aumentadas em tamanho, com inclusões basofílicas intranucleares habitualmente rodeadas por halo claro.

Métodos histológicos de impregnação pela prata podem ser muito úteis na detecção histológica de fungos em doenças como a criptococose.