Trata-se da etapa em que o protocolo efetua o controle da tramitação dos documentos, mediante sistema manual ou informatizado, no sentido de identificar os departamentos pelos quais passam os documentos. Tal controle sobre a movimentação dos documentos é importante para se saber em que local se encontra determinado documento em um dado momento, bem como para se consultarem os últimos andamentos realizados na sua tramitação.

É o procedimento no qual o protocolo cadastra o documento em um sistema de controle (informatizado ou manual), atribuindo a ele um número codificado de acompanhamento.

Nesta etapa, o setor de protocolo recebe documentos provenientes de várias origens. Por exemplo, recebe correspondências advindas do correio, de malotes, assim como outros documentos encaminhados por terceiros à instituição. É, nesse sentido, a porta de entrada de qualquer documento enviado por terceiros à instituição.

Trata-se da etapa em que o protocolo efetua a análise do documento a fim de identificar o seu assunto, classificando-o de acordo com o plano de classificação da instituição. É importante enfatizar que, nesta etapa, os envelopes das correspondências devem ser abertos pelo setor de protocolo, para que seja efetuada a sua classificação efetiva, desde que não sejam sigilosos ou particulares. Esses documentos de caráter confidencial só devem ser abertos por seus destinatários.