Uma água com alto nível de turbidez oferece grande resistência à passagem de luz, sendo por isso de baixa transparência, parâmetro que representa a medida de penetração de luz na água.

Além do metabolismo dos peixes, a temperatura influencia outros fatores, como alguns parâmetros de qualidade de água, desenvolvimento de microrganismos, disponibilidade de nutrientes e toxicidade de contaminantes.

A atividade respiratória dos animais, principalmente no período noturno, libera CO2, e este reage com a água formando H₂CO₃ que, ao se dissociar em bicarbonato e íons de hidrogênio, eleva o pH, devido ao excesso de bicarbonato.

A reação em equilíbrio da amônia na água é NH₃ + H₂O ↔ NH₄+ + OH, e este equilíbrio depende do pH, temperatura e salinidade da água. Quando o pH aumenta, o desequilíbrio desta reação forma NH₃.

As bactérias do gênero Nitrosomonas transformam a amônia em nitrito. Em seguida, as bactérias do gênero Nitrobacter transformam o nitrito em nitrato, e este último é a forma menos tóxica do nitrogênio para os peixes.