Conforme o Artigo 2° da Lei Federal 8142/90, os recursos do Fundo Nacional de Saúde (FNS) serão alocados como:
I-despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, seus órgãos e entidades, da administração direta e indireta;
II-investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Executivo e aprovados pelo Congresso Nacional;
III-investimentos previstos no Plano Bienal do Ministério da Saúde;
IV-cobertura das ações e serviços de saúde a serem implementados pelos Municípios, Estados e Distrito Federal.