A CLAE requer que a amostra seja solúvel na fase móvel, enquanto que CG requer amostra ou derivado volátil, termicamente estável na temperatura de operação do sistema cromatográfico.

Na CG é possível analisar gases, líquidos e sólidos, enquanto que na CLAE é possível analisar líquidos e sólidos, iônicos ou covalentes.

A capacidade preparativa da CG é pobre, necessitando de múltiplas injeções, enquanto que a capacidade preparativa da CLAE é boa, com facilidade de coleta e capacidade de mecanização.

As capacidades analíticas da CLAE e da CG são excelentes, podendo separar amostras com mais de 100 componentes.