O controle da eimeriose é baseado na eliminação dos animais doentes e na prevenção de contato com sangue de gatos.

Na giardíase, deve ser realizado o controle parasitológico periódico dos animais de laboratório e o acompanhamento da qualidade da água de dessedentação. O ambiente pode passar por desinfecção com amônia quaternária em solução 30 a 40 minutos.

Para combater Hymenolepis muris, podem ser utilizados banhos por aspersão ou imersão com inseticidas fosforados ou piretroides, que devem ser repetidos após sete a dez dias.

A demodicose pode ser controlada através de fármacos e higiene regular. Os cães desmamados e os adultos devem ser tratados a cada três meses. As cadelas prenhes devem ser tratadas pelo menos uma vez durante a prenhez. O piso dos canis não deve possuir frestas, ser livre de umidade e as camas devem ser descartadas diariamente. As áreas livres devem ser de concreto ou cimento, e mantidas limpas e secas.

A hemoncose ovina é facilmente tratada com Ivermectina (0,2 miligramas/quilograma de peso corporal, via subcutânea), Albendazol (10 miligramas/quilograma de peso corporal, via oral) ou Doramectina (0,2 miligramas/quilograma de peso corporal, via intramuscular ou via subcutânea). O sucesso no seu controle depende do clima, nutrição adequada do rebanho, limpeza das instalações e exames parasitários periódicos (contagem de ovos por grama de fezes – OPG).