A redução do pH do solo promove a precipitação de metais pesados na forma de hidróxidos insolúveis, impedindo que estes contaminantes lixiviem para o lençol freático.

O excesso de íons sulfato e nitrato depositados pela chuva funciona como uma adubação foliar e edáfica maciça, aumentando a produtividade primária (eutrofização) sem causar toxicidade direta à biota.

O solo ácido reage com o mercúrio metálico inerte presente naturalmente nas rochas, transformando-o em metilmercúrio orgânico, que é biodegradado rapidamente antes de atingir os cursos d'água.

A acidez desloca cátions trocáveis nas micelas de argila, provocando a solubilização de íons de alumínio, que são tóxicos para as raízes das plantas e, ao serem carregados para os rios, causam asfixia em peixes por danos às brânquias.

A acidificação do solo inibe a atividade de bactérias desnitrificantes, resultando no acúmulo de amônia tóxica, que volatiliza de volta para a atmosfera, neutralizando a poluição ácida inicial.