O processo de beneficiamento de sementes é realizado com base em diferenças nas características físicas do produto e das impurezas a serem retiradas. Durante o beneficiamento, as sementes passam por etapas em que são utilizados equipamentos e máquinas com o princípio de operação baseado em uma ou mais características físicas. Em uma Unidade de Beneficiamento de Sementes de Soja, o fluxo das sementes recomendado segue a seguinte sequência: