A preparação de amostras de microfósseis requer o uso de uma ou mais peneiras específicas; diferentes tipos de ácidos ou solventes para desagregação dos organismos em relação à rocha matriz.

Conodontes, um grupo de microfósseis fosfáticos, importantes fósseis-guias de bacias sedimentares paleozóicas, somente pode ser preparado com hipoclorito de sódio.

Não se podem utilizar resinas ou gesso para confecção de moldes de fósseis.

Na análise de aspectos paleontológicos, principalmente na classificação sistemática de fósseis não se utilizam lâminas petrográficas para medição e identificação de seu grupo taxonômico.