O marcador Ki-67, também conhecido como MIB-1, é amplamente utilizado para avaliar a proliferação celular em tumores do SNC, sendo útil para classificar o grau de malignidade em gliomas e meningiomas, mas sua expressão é limitada a tumores de crescimento rápido.

O GFAP (proteína ácida fibrilar glial) é um marcador específico de gliomas e é raramente encontrado em outros tipos de tumores do SNC, como ependimomas ou oligodendrogliomas.

Os tumores neuroendócrinos do SNC, como o pineocitoma e o meduloblastoma, podem ser identificados por meio da coloração positiva para sinaptofisina, que é um marcador de vesículas sinápticas.

A expressão do antígeno de membrana epitelial (EMA) é um marcador específico para meningiomas e raramente é encontrado em outros tumores do SNC, como ependimomas ou carcinomas metastáticos.

A beta-hCG (gonadotrofina coriônica humana) é um marcador comum encontrado em tumores germinativos, sendo particularmente elevada em teratomas e astrocitomas de alto grau do SNC.