Em casos de suspeita de botulismo, na ausência de restos do alimento efetivamente consumido, não se deve coletar a própria embalagem vazia, já que a toxina só se adere ao alimento e nunca a embalagem.

Deve-se sempre utilizar para coleta de amostra os próprios talheres do estabelecimento que estão sendo usado para servir o alimento.

A amostra coletada seja constituída do alimento que foi efetivamente consumido pelos afetados, e quando não for possível, podem ser coletadas amostras do(s) produto(s) envolvido(s) no preparo do alimento(s) e dos utensílios caso não tenham sido lavados.

Eventuais sobras de alimentos suspeitos nunca devem ser coletadas.

Alimentos líquidos ou bebidas não devem ser agitados antes da coleta, que deve ser realizada com utensílio esterilizado ou vertendo em tubo largo esterilizado.