A fístula-ano-retal transesfincteriana é melhor tratada com a colocação de um seton, que ajuda a drenar a infecção e gradualmente corta o trajeto fistuloso.

O uso de antibióticos sistêmicos como monoterapia é suficiente para resolver a maioria dos casos de fístula anal complexa, evitando a necessidade de intervenção cirúrgica.

A fístula de alto grau envolvendo o esfíncter anal interno deve ser tratada prioritariamente com fistulotomia, mesmo com o risco de comprometimento da continência fecal.

O avanço do retalho mucoso é considerado um tratamento de primeira linha para fístulas anais simples, mas não é recomendado para fístulas complexas ou recorrentes.