Os aminoácidos Glutamina e Histidina apresentam massas próximas e não são distinguíveis em equipamentos com baixa exatidão de massa, tais como os triplo quadrupolos e ion traps.

Para se verificar se a Serina constituinte de um determinado peptídeo apresenta uma fosforilação, deve-se verificar se há um pico com massa 98 u inferior ao íon correspondente (-b ou -y).

Modificações pós-traducionais ocorridas nas cadeias laterais de certos aminoácidos, tais como fosforilações em resíduos de Serina e Treonina, glicosilações ou oxidação em Metionina tornam tais grupos laterais lábeis, de modo que a perda neutra destes íons pode ser observada.

Arginina, Lisina, Glutamina e Asparagina são exemplos de aminoácidos que apresentam pronunciada perda neutra de NH₃.

Serina, Treonina e Ácido Glutâmico são aminoácidos que, quando presentes em peptídeos submetidos a fragmentação por dissociação induzida por colisão (CID), apresentarão perda neutra de H₂O bastante pronunciada.