Os tecidos vegetais não apresentam dificuldade de penetração aos agentes químicos, por esse motivo a fixação não pode ser realizada sob vácuo

A desidratação das amostras ocorre em banhos simples de álcool ou de acetona com concentrações de 100 % e 95 % respectivamente, não sendo necessário trocar a solução para a remoção completa da água, já que a água é removida após o banho com concentração de 100 % de álcool ou de acetona.

As bactérias que se encontram aderidas nos tecidos vegetais ou animais se desprendem após o processo de preparação da amostra.

Recomenda-se utilizar glutaraldeído como fixador para microscopia eletrônica da maioria dos tecidos animais e vegetais devido às suas propriedades de penetração e de precipitação rápida das substâncias proteicas da célula, assegurando, assim, uma ótima preservação da ultraestrutura do tecido.

Quando as bactérias são isoladas em meio de cultura, há a possibilidade de retirar pequenos fragmentos do meio contendo colônias. As amostras coletadas são colocadas diretamente na solução fixadora, sendo desnecessários os banhos de álcool ou de acetona.