Pelo fato de os desidratantes utilizados na microscopia eletrônica serem fortes solventes orgânicos, eles causam inevitavelmente efeitos indesejáveis nas amostras durante a desidratação. Para minimizar esses efeitos, devemos sempre nos preocupar com o tempo de cada passo desse procedimento. São efeitos indesejáveis do emprego desses desidratantes: