As bactérias são micro-organismos que degradam o resíduo orgânico dos efluentes; entretanto, os protozoários e os metazoários atuam como seus depuradores. Os protozoários consomem as bactérias dispersas que não flocularam, e os metazoários consomem quaisquer partículas biológicas pequenas que não sedimentaram. O processo de estabilização da matéria orgânica oriunda do despejo é rápido; mas, o importante neste processo é a formação de flocos biológicos adequados. Estes flocos, formados principalmente por bactérias, devem ser facilmente removidos no decantador secundário. Neste processo, a matéria orgânica é degradada primeiramente por bactérias acidificantes que produzem ácidos intermediários e, posteriormente, ou diretamente, o ácido acético. Após a formação do ácido acético, por ação das bactérias anaeróbicas, ocorre a formação do gás metano. É possível que as descrições se referem a: