Esteróides (esterols) fecais, como colesterol, podem ser usados como indicadores de contaminação de água, tendo como vantagem o fato de serem menos afetados por desinfetantes químicos clorados.

A técnica da cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE ou HPLC) é capaz de detectar compostos indiretamente associados à excreção humana em sistemas hídricos

Em corpos d'água para recreação humana, como piscinas, Staphlylococcus aureus e Candida albicans podem funcionar como indicadores de qualidade de água mais eficientes do que coliformes fecais.

A contagem de vírus causadores de doenças em humanos é o protocolo mais rápido e barato para analisar a qualidade de água em reservatórios situados na zona rural.

A detecção de coliformes totais e fecais, quali ou quantitativa, pode ser realizada pelo método dos tubos múltiplos, contagem em membrana filtrante e em substrato cromogênico.