A preparação da prova baseia-se em uma matriz de competências elaborada para o ENEM. A confecção dessa matriz objetiva romper com o isolamento das disciplinas do ensino médio e promover a “colaboração, complementaridade e integração entre os conteúdos das diversas áreas do conhecimento presentes nas propostas curriculares das escolas brasileiras de Ensino Fundamental e Médio” (MEC/SEMTEC, 1999). A matriz estrutura-se na associação dos conteúdos do Ensino Fundamental e Médio, com base nos conceitos de: