VANTAGEM - CL-MS – versatilidade técnica devido a diferentes métodos de ionização.

DESVANTAGEM - CG-MS – baixa especificidade na detecção de diferentes compostos.

VANTAGEM - CG-MS – alta especificidade na detecção e quantificação de diferentes compostos.

DESVANTAGEM - CL-MS – problemas relacionados à interface do sistema (velocidade de bombeamento, vazão de eluente e fonte de ionização).

VANTAGEM - CL-MS – exclui a necessidade de etapas de derivação da amostra.

DESVANTAGEM - CG-MS – não possibilita que uma única matriz biológica possa ser usada para várias determinações quantitativas.

VANTAGEM - CL-MS – análise de diferentes analitos devem ser realizadas em amostragens distintas.

DESVANTAGEM - CG-MS – tem limitações para aplicações em compostos pouco voláteis, necessitando de tratamento de derivação da amostra.

VANTAGEM - CG-MS – amostras pouco voláteis não interferem na análise de analitos muito voláteis, pois estes não são identificados pelo detector.

DESVANTAGEM - CL-MS – não admite a utilização de amostrador automático para amostras de drogas de abuso.