O desmatamento de vastas superfícies, iniciado há cinco séculos, deixou solos sem proteção, acelerou processos de lixiviação, e provocou erosão e assoreamento de muitos cursos d’água.

O assoreamento dos cursos d’água, além de alterar a dinâmica natural do rio, pode causar perturbações nas atividades ligadas à navegação fluvial e à produção de hidroeletricidade.

O Estatuto da Cidade é omisso com relação à gestão democrática do meio urbano, bem como das políticas urbanas, não assegurando o controle da poluição e a conservação dos corpos d’água no âmbito das cidades.

O transbordamento dos corpos d’água localizados no meio urbano, causando inundações quando ocorrem chuvas torrenciais, agrava ainda mais os erros da urbanização descontrolada.

Os métodos exploratórios de garimpo nos rios da bacia Amazônica poluem as águas, quando utilizam o mercúrio para separar o ouro do minério. O mercúrio pode provocar sequelas na população que vive em contato com as águas contaminadas, sendo um grave problema a contaminação por meio da cadeia alimentar, visto que esse elemento químico acumula-se em organismos aquáticos.